Стерео микроскопи се широко примењују у макроскопском посматрању.
Стерео‑флуоресценција: Додатак за флуоресценцију је додат на основу паралелног светла
Стерео микроскоп, такође познат као "микроскоп за сецирање" или "микроскоп ентитета", је визуелни инструмент који даје усправне стереоскопске слике.
Широко се примењује у биологији, медицини, пољопривреди и шумарству, индустрији и биологији мора. Његове главне карактеристике су следеће:
Ø Два снопа светлости у бинокуларној цеви нису паралелна и формирају одређени укључени угао (који се такође назива стерео угао, обично 12-15 степени), који генерише тродимензионално стереоскопско снимање.
Ø Прави усправне слике погодне за рад и сецирање. Ово се постиже призмама испод окулара које инвертују слику.
Ø Иако је његово увећање мање него код конвенционалних микроскопа, пружа велику радну удаљеност.
Ø Одликује се великом дубином фокуса, што олакшава посматрање целог слоја узорка који се испитује.
Ø Има велики пречник видног поља за широк опсег посматрања.
Тренутна оптичка структура стерео микроскопа је следећа: заједнички примарни објектив формира слику објекта. Два светлосна снопа након снимања су одвојена са два сета средњих објектива и зум сочива како би се формирао стерео угао, а затим се снимају кроз њихове одговарајуће окуларе. Његова промена увећања се постиже подешавањем растојања између средњих група сочива, па је тако познат и као „стерео микроскоп са континуираним зумом“.
