Микроскопи су класификовани на основу принципа микроскопије и могу се поделити на поларизујућу микроскопију, оптичку микроскопију, електронску микроскопију и дигиталну микроскопију.
1. Поларизациони микроскоп је врста микроскопа који се користи у истраживачким институтима за транспарентне и непрозирне анизотропне материјале и има важну примену у науци и инжењерским смеровима као што је геологија.
2. Оптички микроскопи се обично састоје од оптичких делова, делова за осветљење и механичких делова. Оптички микроскоп може да увећа објекат 1600 пута, са минималном границом резолуције од 0,1 микрометар.
3. Електронски микроскопи имају основне структурне карактеристике сличне оптичким микроскопима, али имају много веће могућности увећања и резолуције за објекте, користећи проток електрона као нови извор светлости за слике објеката.
4. Преносиви микроскопи су углавном продужетак серије дигиталних микроскопа и видео микроскопа који су се развили последњих година
